«Японский Центр в Санкт-Петербурге» действует с марта 2001 года как филиал центрального московского офиса Автономной Некоммерческой Организации «Японский Центр по развитию торгово-экономических связей». Организация состоит из шести Японских Центров: в Москве, Санкт-Петербурге, Нижнем Новгороде, Хабаровске, Владивостоке и Южно-Сахалинске.
Работа указанных центров проводится в соответствии с Меморандумом между Правительством Российской Федерации и Правительством Японии «О деятельности на территории Российской Федерации Японского центра по техническому содействию проводимым в Российской Федерации реформам» от 29 июня 2003 года и рядом других межправительственных документов.
В Японских центрах проходят обучение главным образом руководители предприятий и бизнесмены – будущая опора развития экономики России. Специально командируемые из Японии специалисты читают лекции, в которых слушатели приобретают знания и ноу-хау в областях, связанных с проблемами перехода к рыночной экономике, таких, как: управление предприятием, маркетинг, управление финансами, практика внешней торговли, бухгалтерский учет и др. Помимо этого Центры организуют курсы японского языка, при поддержке местных властей и учреждений системы образования, планируют и проводят различные семинары и прочие мероприятия. Практикуются также и командировки лекторов для проведения выездных учебных курсов в тех городах, где Японские центры отсутствуют. Для особо отличившихся слушателей лекционно-семинарских курсов организуются поездки на стажировку в Японию. Все виды обучения и другие программы, проводимые в Японском Центре, являются бесплатными.
При каждом Центре существует открытая для общего доступа библиотека с читальным залом, где имеется литература на русском, японском и английском языках, различные учебные тексты, видеоматериалы и т.д. В Центрах можно получить доступ к последней информации о мировой экономике через Интернет и по каналам спутникового телевидения. Эта деятельность Японских центров повсеместно завоевывает высокую оценку; ожидается дальнейшее расширение и обогащение спектра их активности.